Другий сезон повертає глядачів у постапокаліптичний Манхеттен, що перетворився на арену боротьби між фракціями, політичних інтриг і навали мерців. Події розгортаються через два роки після фіналу першого сезону — герої знову змушені повернутися на острів, попри попередню втечу.
Ніган стає полоненим під контролем Дами та Кроата, які прагнуть змусити його об’єднати ворожі угруповання Манхеттена для спротиву Федерації Нового Вавилону. Тим часом Меггі повертається на острів, щоб урятувати сина Гершела від примусового призову. Напруга між ними зростає: Гершел прагне самостійності й зацікавлений у новому порядку, який обіцяє Дама.
Сезон представляє нових героїв, як-от безжальна Нарваес і торговець Брюгель, а також боротьбу за контроль над важливими об’єктами — Центральним парком, собором Святого Патріка й музеєм Метрополітен.