У другому сезоні команда юних інопланетян приєднується до адмірала Кетрін Джейнвей у складній місії, що охоплює простір і час. Головна мета - врятувати капітана Чакотая, який десять років був ізольований на планеті Ісіда після втрати екіпажу і пошкодження зорельота «Протостар». Екіпажу доводиться долати небезпечні стихії, відновлювати корабель і боротися з тиранією Асенсії на рідній планеті Ґвін, Солум, де розгортається громадянська війна.
Щоб виправити часовий парадокс і врятувати реальність від руйнівних міжвимірних істот Лум, команда повертає «Протостар» у минуле, забезпечуючи власне майбутнє і мир для Вау Н’Акат. Після цих подій Джейнвей виходить на пенсію, а Чакотай очолює новий «Вояджер». Молоді герої отримують звання енсинів і стають екіпажем нового зорельота USS Prodigy, готуючись до нових пригод на службі Зоряного флоту.