Макото Іто — звичайний старшокласник, який закохується в чарівну і сором’язливу Котоноху. Сусідка по парті, весела та товариська Секай, дізнається про його симпатію й вирішує допомогти йому почати з нею стосунки. Але невдовзі сама закохується в Макото, що призводить до заплутаного трикутника. З часом романтика перетворюється на емоційне випробування: почуття, ревнощі й зрада захоплюють героїв, змінюючи їхні характери. Аніме порушує теми любові, відповідальності та морального вибору. «School Days» вирізняється серед інших шкільних драм своїм реалістичним і трагічним розвитком, що поступово наростає до шокуючої і незабутньої розв'язки.