У 16-му сезоні Морської поліції команда розслідує складні справи, на кону яких стоять особисті та професійні інтереси. Сезон відкривається знахідкою останків майора морської піхоти Еллен Воллес, яку раніше вважали загиблою під час теракту в Пентагоні 11 вересня; Воллес була колишньою нареченою Гіббса, і розслідування її вбивства тісно пов'язане з ним. Команда також переслідує підозрюваного, який втік після масової стрілянини у військово-морському госпіталі - справа ускладнюється зв'язком спеціального агента Жаклін Слоун з ключовим свідком - її біологічною донькою. Серед інших сюжетних ліній - розкриття холодної справи 30-річної давнини, пов'язаної з водієм вантажівки з морозивом, виявлення таємного офшорного банківського рахунку, з якого фінансуються вбивства месників, і боротьба з внутрішніми загрозами після того, як офіцера ЦРУ Кларка знаходять мертвим. Кульмінацією сезону стане зіткнення Гіббса з суддею, який організовує самосуд, і боротьба з власними минулими діями, зокрема вбивством Педро Ернандеса. Протягом усього сезону команда балансує між напруженим розслідуванням та особистими викликами і моральними дилемами.