Бетмен-ніндзя проти Ліги Якудзи

Сім'я Бетмена повертається до сучасного Ґотема після пригоди у феодальній Японії, де вони подорожували в часі. Однак їхнє повернення додому переривається шокуючою подією: зникненням японського острова і раптовою появою «Хіномото», величезного плавучого острова над Готем-Сіті. Острів розв'язує навалу воїнів Якудзи на Готем, а Ліга Справедливості таємниче зникає.

Бетмен розслідує справу Хіномото і відкриває жорстокий світ, яким правлять ворогуючі клани якудзи та зловісна група під назвою Ліга Якудзи - надпотужні люди, схожі на Лігу Справедливості. У той час як Готем занурюється в хаос, Бетмен і його союзники повинні протистояти цьому грізному ворогу, щоб захистити своє місто і розкрити правду про появу Хіномото і зникнення Ліги Справедливості.