Кобато — добра та наївна дівчина з незвичайною місією: вона має наповнити чарівну пляшку осколками людських сердець, виліковуючи їхній біль. Щоб досягти мети, Кобато спускається на Землю разом із супутником Іоріогі — плюшевим псом із запальним характером. Вона працює у дитячому садку та допомагає людям, намагаючись зрозуміти їхні емоції та подолати власні труднощі. Попри свою доброзичливість, Кобато не має права закохуватися в людей, що ускладнює її завдання. В її пригодах фантастичний світ переплітається з реальними емоціями, перетворюючи кожен день на випробування.