У другому сезоні історія продовжується через рік після подій першого сезону. Сінсенґумі, зраджені сьоґунатом, відступають до Едо, борючись не лише з імперськими військами, а й із внутрішніми зрадами та втратами. Деякі воїни приймають «Воду життя», що дає надлюдську силу, але прискорює старіння і веде до загибелі.
Чізуру опиняється перед важким вибором: залишитися вірною Гідзікаті чи скоритися розпачу. Після викрадення Кодо вона відмовляється очолити клан Юкімура, залишаючись на боці Сінсенґумі. У фінальних битвах гинуть Сандзан і Хейсук, жертвуючи собою. Група вирушає до Едзо, де Гідзіката обирають віце-комісаром Республіки Едзо. Їхні останні дні сповнені болю, втрат і рішучості. Чізуру рятує пораненого Гідзікату своєю кров’ю, а Кадзама визнає його оні й дає нове ім’я — Хакуокі.