У третьому сезоні боротьба з Армією 12 мавп і загадковою організацією «Світова свідомість» набуває ще більшого розмаху. Коул і Кессі дізнаються, що їхній син — Свідок, лідер ворогів, відповідальний за майбутню катастрофу. Це відкриття ставить під сумнів усе, у що вони вірили. Герої подорожують у різні епохи, намагаючись зупинити ланцюг подій, що веде до кінця світу, і змінити долю свого сина. Тим часом Рамсе бореться зі зрадою, а Дженніфер використовує свої передбачення, щоб допомогти. Сезон заглиблюється у теми жертви, часу і приреченості, демонструючи, що боротьба за майбутнє — це також боротьба за серце.